人体70%的免疫系统在肠道，且95%以上的感染性疾病直接或间接与此有关。
维持体内有益菌群的生存状态对保持消化道的健康、维护正常的免疫系统以及提高抗感染能力是非常重要的。有害菌也是肠道组成的一部分人体肠道内细菌有很多，并且结构稳定。一般情况下，这些细菌是有益的。它们能抑制某些病原菌如沙门菌、霍乱弧菌等生长，还能帮助合成B族维生素和维生素K，作为人体维生素的一个重要的补充来源。但是并不是所有的细菌对人体都有益，胃肠道也存在着有害菌，如果有害菌菌群数量剧增，“战胜”了有益菌，会致使肠内黏膜粗糙，血液不流通而呈暗红色。
有害菌群的危害：
排泄不顺畅，肠内囤积粪便：为帮助排便，粪便的软硬程度要适中，但不健康的肠则因膳食纤维的不足，导致粪便囤积大肠，无法顺利排泄。又或者是因坏菌的繁殖引起细菌感染，而产生腹泻的发生。
蠕动过快或太慢：肠不健康，可能会影响肠的蠕动速度过快或太慢，妨碍粪便顺利排出。粪便更会因此变太硬或太稀，最终导致便秘，肠道中过路菌群更因此加速繁殖，如此恶性循环下去。
一般来说，肠道菌群多样性越丰富，益生菌主导，有害菌在合理范围，这样的人体最健康。如果菌群失调，有害菌过度发育，就会产生毒素破坏肠道黏膜，而且与产生的炎症互相促进，造成进一步的损伤。同时，细菌的生长需要营养的支持，合理的饮食是调节肠道菌群的关键因素，抗生素滥用会危害肠道健康，容易让有害菌发育，要引起重视，做好预防。
肠道的菌群环境是一种竞争的环境，益生菌与有害菌在互相竞争。
益生菌的优势和用途
改善消化健康：通过产生酶（如β-半乳糖苷酶）帮助乳糖不耐受者分解或消化乳糖，进而改善消化系统功能。预防抗生素相关问题：益生菌有助于防止因长期使用抗生素导致的肠道菌群失衡。增强免疫力：益生菌能够提升身体的免疫功能，使机体更好地抵御疾病。
口腔健康：例如，Lactobacillus reuteri（罗伊氏乳杆菌）有助于减少牙龈炎和牙龈出血。皮肤和阴道健康：益生菌有助于改善皮肤状况和维护阴道健康。精神健康：益生菌对缓解压力和焦虑有积极作用，有助于改善心理状态。
降低艰难梭菌感染风险：益生菌能够减少艰难梭菌感染的发生几率。溃疡性结肠炎：益生菌有助于改善溃疡性结肠炎的症状。预防食物过敏：益生菌对预防食物过敏有一定效果。
婴幼儿疾病治疗：益生菌在治疗婴幼儿某些疾病方面有积极作用。降低血压和对抗糖尿病：益生菌能够帮助降低血压，对抗糖尿病，对心血管健康有好处。
日常生活中我们要从以下几点入手来改善：
1、坚持素食为主的健康饮食，少吃油炸食品、高脂高糖食品、红肉、加工肉等垃圾食品，让肠道环境更加适合有益菌生存，减少有害菌生长。
2、讲究健康卫生，减少有害菌进入肠道通道。
3、少用抗生素，保持肠道菌群多样性。
4、尽量顺产、母乳喂养，让孩子有一个比较好的遗传的菌群。
5、合理运动，促进肠道血液循环，改善肠道健康。
6、补充膳食纤维益生元，让益生菌食物充足。
7、如果益生菌不足，可以针对性补充益生菌。
8、肠道菌群移植，重建肠道微生态平衡。
