一个健康人其肠道微生物超过99%是细菌，数量多达100万亿个，约是人细胞总数的10倍。这些肠道菌群共生共存，在数量上处于相对平衡。如果肠道菌群失衡后怎么办呢？可以通过补充益生菌或药物来调节菌群，然而人体肠道细菌种类超过1000种，60%以上是人类无法成功培养的，且益生菌产品提供的菌群较为单一，也无法完全直接地让菌群恢复平衡。于是，肠道菌群移植，这项新技术应运而生，在世界范围受到专家们关注及运用。
肠道菌群移植（FMT）是指将健康人粪便中的功能肠道菌群移植到患者肠道内，重建新的肠道菌群，有效纠正肠道菌群紊乱从而达到治疗肠道内外疾病的目的。近十年来，FMT在治疗肠道内和肠道外疾病中取得了突破性的进展，给肠道内和肠道外疑难疾病的治疗带来了颠覆性的新策略。《肠道菌群移植供体筛选与管理中国专家共识（2022版）》。
目前全世界已经完成或正在进行的FMT临床试验超过300项，已治愈数万例患者，其中有50多项在儿童中开展。
移植的是“菌”不是“粪”。肠道菌群移植的安全性主要与两方面因素有关，即供体的生物安全性和移植的操作安全性。
供体不仅要筛查排除乙肝、丙肝、梅毒、艾滋病等已知传染病，还要排除寄生虫、条件致病菌感染，甚至连饮食习惯、排便习惯、情绪状态、肿瘤家族史都要进行调查，不符合要求的排除。而移植操作的安全性主要与移植方式有关。如经内镜移植是目前使用较多的手段，经胃镜、结肠镜移植操作风险与常规胃镜、结肠镜检查的风险基本一致。医生需根据患者病情和病变部位选择合适的移植方式。肠道菌群移植技术总体安全性较高，不良反应较少，多为胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等，这些症状一般可自行缓解，无需特殊处理。
目前菌群移植技术可应用于治疗如艰难梭菌感染、炎症性肠病（溃疡性结肠炎和克罗恩病）、肠易激综合征、功能性便秘、功能性腹泻、放射性肠炎等肠道相关性疾病外，还用于治疗一些非肠道疾病，如肝脏疾病（肝硬化、非酒精性脂肪肝）、代谢综合征（肥胖、糖尿病）、帕金森综合合征、抑郁症、孤独症等。
口服：将处理后的菌群装入胶囊、微胶囊、油剂中，患者直接口服。
鼻饲管：在内窥镜辅助下，将固定管从鼻腔植入肠道深部并固定，体外端沿肠道与外界相通，可直接从鼻腔输送菌液，完成菌群移植。
胃镜或结肠镜下移植：在胃镜或结肠镜的引导下，将菌群悬浮液直接注入患者肠道内。
近年来，医院内镜诊疗中心积极开展各种新技术、新项目，先后开展了内镜下各种检查及治疗：包括早期消化道肿瘤的精查、胃肠道息肉及消化道早癌的内镜下治疗（EMR+ESD）；各种内镜下止血技术；开展了经内镜逆行胰胆管造影（ERCP）术及胰胆管内窥镜检查；超声内镜检查及细针穿刺活检术（EUS-FNA）；内镜下消化道异物取出术；消化道良恶性狭窄的扩张及支架植入术；胃食管反流病贲门缩窄术；贲门失弛缓症POEM术；痔疮的内镜下套扎、硬化技术；阑尾炎内镜下治疗；食管高分辨测压、直肠肛管测压及生物反馈；幽门螺杆菌抗体分型；肠道菌群移植等。
